Рыба – весьма специфический продукт, который при разморозке сразу же выделяет характерный запах. Поэтому храниться она должна отдельно от всего остального. Хранение рыбы производит в охлаждаемых помещениях при поддерживании режима температуры. Разрешены колебания не более 2 °C. В камерах, где содержится мороженая рыба, обеспечивается высокая и постоянная относительная влажность воздуха 90-95%. Это помогает снизить усушку. При нарушениях происходит перекристаллизация, что становится причиной изменений в тканях. После размораживания вытекает много сока, рыба становится дряблой.
Рыба помещается на стеллажи или поддоны. Укладка напрямую на пол запрещена. Укладка в камерах хранения осуществляется таким образом, чтобы была создана циркуляция воздуха. Высота штабеля упакованных в ящики не должна быть больше 4 м, в картонных коробках – 2,9 м. Для мороженой рыбы в мешках максимальная высота составляет 1,5 м.
В замороженном состоянии рыба может храниться при температуре от -4 до -35 °C. Чем ниже будет температура, тем лучше сохранится продукция. Целую рыбу для уменьшения потерь обычно обкладывают льдом и глазируют. Охлажденную рыбу хранят в той же таре, в которой она приехала. При температуре 0...-2 °C и относительной влажности воздуха 90—95%. Срок хранения во многом зависит от вида. Например, карповые и щуковые могут храниться до 10 суток, сомовые и камбаловые — до 6 суток, треска потрошеная — до 16 суток.